Archives par mot-clé : recherche reproductible

Pourquoi et comment inscrire la production de cartes statistiques dans un processus de recherche reproductible

Le 9 juin, Nicolas Lambert et moi participions à la journée « Cartostats – La cartographie statistique : Quelles méthodologies dans un contexte d’accélération et de diversification des pratiques ? » avec la présentation suivante :

Pourquoi et comment inscrire la production de cartes statistiques dans un processus de recherche reproductible.

La manière la plus répandue pour construire des cartes statistiques mobilise un ensemble de logiciels variés (tableur, logiciel de statistique, SIG, édition vectoriel…) utilisant une série de formats de données et de fichiers différents. Cette grande diversité d’outils rend difficile la reproduction, la mise à jour et la pérennité des analyses et des cartes produites.
L’utilisation du logiciel R et de son langage nous permet de couvrir l’ensemble de la chaîne de traitement allant de l’analyse à la représentation de l’information géographique. Particulièrement adapté aux traitements statistiques, R dispose également de fonctionnalités spatiales permettant de manipuler et de représenter les données.
Le package cartography, développé à l’UMS RIATE, permet de réaliser la plupart des cartes statistiques usuelles et de les insérer dans des analyses traçables et complexes.

De superbes cartes thématiques…

Dans un très complet billet de blog, Timo Grossenbacher décrit la création d’une carte thématique avec ggplot2.

Beautiful thematic maps with ggplot2 (only)


Il y détaille les étapes nécessaires à la création de cette carte en évoquant par exemple des questions de reproductibilité, l’import et la sélection des données, le choix d’une discrétisation, le choix d’une gamme de couleur, l’utilisation de données raster (pour le relief), les questions d’habillage et de design.

Dans les commentaires quelqu’un propose une version de cette même carte construite avec lattice (beautiful-thematic-maps: alternative code without using ggplot2) et une version interactive a aussi été développée (Thematic Interactive Map).

Voici donc ma contribution sans ggplot2, ni lattice, ni interactivité :-).
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La Prochaine séance du séminaire RUSS

La prochaine séance du séminaire R à l’Usage des Sciences Sociales (RUSS) aura lieu le jeudi 24 novembre 2016 de 9h30 à 12h00 à l’EHESS (salle du conseil B, R-1, bât. Le France, 190-198 av de France 75013 Paris)

Nous accueillerons à partir de 9h30, Hadrien Commenges (Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne UMR 8504 Géographie-cités) pour la présentation suivante :

Flux de travail intégré et conception d’outils pour la recherche et l’enseignement avec R et shiny

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Création d’une carte interactive avec leaflet

En lisant cet article de Yann Guégan évoquant le monde selon Bernard Guetta je me suis dis: « Tiens, et si je faisais une petite carte interactive avec des cercles proportionnels en utilisant les mêmes données! ».
Le journaliste explique sa méthodologie et présente tous les outils qu’il a mobilisé dans un deuxième article. Les données (en tout cas une partie) sont également diffusées dans format libre. Cette démarche ouverte permet de reproduire les analyses, les figures etc. Bref c’est du bon boulot!

Cartographie interactive

Pour réaliser cette carte, avec R bien sur, j’ai choisi d’utiliser le package leaflet. Ce package, disponible sur github, est construit en utilisant le package htmlwidgets et s’appuie sur la librairie javascript leaflet. Continuer la lecture de Création d’une carte interactive avec leaflet

Recherche Reproductible et création de packages

Dans le cadre des séances de formation du Groupe ElementR Hadrien Commenges et moi avons préparé des documents pédagogiques autour de la notion de recherche reproductible avec R.

Lors de cette trop courte séance j’ai présenté sous forme de tutoriel un module sur la recherche reproductible et la création de packages: Continuer la lecture de Recherche Reproductible et création de packages