Dans le cadre des séances de formation du Groupe ElementR Hadrien Commenges et moi avons préparé des documents pédagogiques autour de la notion de recherche reproductible avec R.

Lors de cette trop courte séance j’ai présenté sous forme de tutoriel un module sur la recherche reproductible et la création de packages:

• Le tutoriel complet en ligne
• Objectif général
  

  Dans une démarche de recherche reproductible nous souhaitons créer un package qui permettra de diffuser et de reproduire une analyse. Ce package contiendra les données utilisées et leur documentation, les fonctions utilisées et leur documentation ainsi que l’analyse elle-même.

• Sommaire
  1 Structure d’un package
  2 Création d’un package
  2.1 Vérifier l’installation des packages utiles
  2.2 Créer un projet dans RStudio
  2.3 Paramétrer le projet
  2.4 Créer le dossier /R et un fichier .R
  2.5 Générer et modifier le fichier DESCRIPTION
  2.6 Construire et lancer le package
  2.7 Documenter le package
  2.7.1 Documenter les fonctions
  2.7.2 Documenter le package
  2.8 Construire les sources du package
  3 Insérer des données dans un package
  3.1 Création d’un fichier de données
  3.2 Documenter les données
  4 Créer des vignettes
  5 Documentation en ligne

Tous les documents nécessaires sont également publiés sur le le blog ElementR (http://elementr.hypotheses.org/) :
– Recherche reproductible et création de fonctions
– Recherche reproductible et documents dynamiques
– Recherche reproductible et création de packages

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