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New version of osrm

The osrm package is an interface between R and the OSRM API. OSRM is a routing service based on OpenStreetMap data.
This package allows computing shortest paths, travel time and travel distance matrices between points.

The osrm package functions are:

  • osrmTable(): travel time and travel distance matrices between points.
  • osrmRoute(): shortest path between two points.
  • osrmTrip(): shortest trip between multiple unordered points.
  • osrmIsochrone(): polygons of isochrones

This package relies on the use of an OSRM server (tested with version 5.22.0 of OSRM).
By default the package uses the OSRM demo server (API usage policy). It is possible to use a different server if you want to make intensive use of the API. You can run your own instance of OSRM following guidelines provided on the OSRM GitHub repository. The simplest solution is the one based on docker containers.

The main change introduced by this update is the support of sf objects as input and output in all functions: using the argument returnclass = "sf" in osrmRoute(), osrmIsochrone() and osrmTrip() allows to output sf objects.

The algorithm for isochrones has been changed to a more robust one that uses isoband package.

In the following example more than 800 shortest paths to the useR2019 conference in Toulouse are displayed:

In the next example isochrones around Toulouse are displayed:

Code for the figures is in this gist.

The popcircle package

The popcircle package has been released on GitHub. This one-function package computes circles with areas scaled to a variable and displays them using a compact layout (higher values in the center, lower values at the periphery). Original polygons are scaled to fit inside these circles (size are roughly proportional, not strictly).

The circles creation relies on packcircles, spatial data manipulation relies on sf.

## Package install:
library(remotes)
install_github("rCarto/popcircle")

This is a typical example of the package usage based on the dataset shipped with the package. We use cartography to display labels.

library(sf)
library(popcircle)
library(cartography)
mtq <- st_read(system.file("gpkg/mtq.gpkg", 
                           package="popcircle"))
res <- popcircle(x = mtq, var = "POP")
circles <- res$circles
shapes <- res$shapes
par(mar = c(0,0,0,0))
plot(st_geometry(circles), col = "#bcd39c", 
     border = "white", bg = "#eafdcf")
plot(st_geometry(shapes), col = "#fffc99", 
     border = "#fffc99", add = TRUE)
labelLayer(x = circles[1:20,], txt = "LIBGEO",
           halo = TRUE, col ="#8e8358", 
           cex = seq(.8,.4, length.out = 20),
           font = 2, bg = "white", r = .15, 
           overlap = FALSE)

The next example was a bit more difficult to design. We had to work on some multipolygons countries (e.g. France, USA or Russia) in order to keep only the largest polygon.

Code for the figure
Code for the figure

As popcircle produces sf objects it is possible to display them interactively:

You can find here an example of interactive visualisation using leaflet.

popcircle changes the position of spatial units. It will work better with regions already well known to the target audience. Chances are that the first figure on Martinique municipalities will be more appropriate and effective for the inhabitants of Martinique.

The tanaka package

The tanaka package has been released on CRAN. This package is a simplified implementation of the Tanaka method.
Also called « relief contours method », « illuminated contour method » or « shaded contour lines method », the Tanaka method enhances the representation of topography on a map using shaded contour lines.
North-west white contours represent illuminated topography and south-east black contours represent shaded topography.

The contour lines creation relies on isoband, spatial data manipulation and display rely on sf.

tanaka is a small package with only two functions:

  • tanaka() uses a raster object and displays the map directly;
  • tanaka_contour() builds the isopleth polygon layer.

This is a typical example of the package usage based on the dataset shipped with the package.

library(tanaka)
library(raster)
ras <- raster(system.file("grd/elev.grd", 
                          package = "tanaka"))
tanaka(x = ras, breaks = seq(80,400,20), 
       legend.pos = "topright", 
       legend.title = "Elevation\n(meters)")

In the second example, the elevatr package is used to download an elevation raster on a specific area. Then the tanaka_contour() function is used to create an isopleth layer and finally the tanaka()function is used to to display the map with a custom color palette.

library(tanaka)
library(elevatr)
# use elevatr to get elevation data
ras <- get_elev_raster(
  locations = data.frame(
    x = c(6.7, 7), y = c(45.8,46)
  ),
  z = 10, prj = "+init=epsg:4326", 
  clip = "locations"
)
# create the isopleth layer
iso <- tanaka_contour(
  x = ras, 
  breaks = seq(500,4800,250)
)
# display the isopleth layer
plot(st_geometry(iso))
# create a custom color palette
pal <- colorRampPalette(colors = c("#F9D3A1", "#1E315B"))
# display the map
tanaka(iso, col = pal(nrow(iso)))

The last example illustrates the use of tanaka with non-topographical data. This map is based on the Global Human Settlement Population Grid (1km).

Code for this figure

Faire des cartogrammes avec R

Le package cartogram permet de construire des cartogrammes avec R. Trois types de déformations sont proposés  :

  • les cartogrammes continus (Dougenik et al. 1985) avec la fonction cartogram_cont(),
  • les cartogrammes discontinus (Olson 1976) avec la fonction cartogram_ncont(),
  • les cartogrammes en cercles (Dorling 1996) avec la fonction cartogram_dorling().

Le package peut être utilisé avec des objets sp ou sf.
Continuer la lecture de Faire des cartogrammes avec R

New version of the cartography package

A new version of the cartography package (v2.0.1) has arrived on CRAN.

cartography allows various cartographic representations such as proportional symbols, chroropleth, typology, flows or discontinuities maps. It also offers several features enhancing the graphic presentation of maps like cartographic palettes, layout elements (scale, north arrow, title…), labels, legends or access to some cartographic APIs.

Up to version 1.4.2 cartography was mainly based on sp and rgeos for its spatial data management and geoprocessing operations. These dependencies have been as much as possible replaced by sf functions since version 2.0.0.
Most functions are kept unchanged except for the addition of an x argument used to take sf objects as inputs.
See the NEWS file for the full list of changes and see sf README in case of installation problems with sf.
Continuer la lecture de New version of the cartography package

linemap

Le package linemap permet de réaliser des cartes composées de lignes. Le package contient deux fonctions, linemap et getgrid.

  • La fonction linemap permet d’afficher la carte. Elle prend en entrée un data frame contenant les coordonnées des points d’une grille régulière et au moins une variable.
  • La fonction getgrid permet de transformer un maillage de polygones irrégulier en data frame pouvant être utilisé avec la fonction linemap. Les polygones en entrée doivent être au format sf et, la fonction reposant sur des calculs d’intersections, il est fortement conseillé d’utiliser le package sf dans une version supérieure ou égale à 0.5-1. En effet à partir de cette version sf intègre les index spatiaux, ce qui accélère très significativement certains géotraitements (dont les calculs d’intersections).

Continuer la lecture de linemap

FOSS4G, RUSS et Cinquièmes Rencontres R

Voici les liens vers trois présentations que j’ai données récemment autour de la cartographie avec R.

Mise à jour du package osrm (version 3.0.0)

L’API du service de routage open source OSRM vient de passer à la version 5. J’ai donc adapté le package osrm à cette nouvelle version qui devrait rester assez stable pendant quelque temps. Il s’agit à nouveau d’une version majeur (la compatibilité descendante n’est pas assurée). Continuer la lecture de Mise à jour du package osrm (version 3.0.0)

Encoder et décoder les polylines Google avec le package gepaf

L’encodage de polylines (Encoded Polyline Algorithm Format)
est un algorithme de compression (avec pertes) qui permet de stocker une liste de coordonnées dans une simple chaîne de caractères.

Cet encodage a été créé pour être utiliser par l’API de Google Maps. Mais d’autres services peuvent y faire appel, c’est le cas par exemple de l’API du service de routage open source OSRM.

Le package gepaf permet d’encoder un dataframe de coordonnées vers une chaîne de caractères avec la fonction encodePolyline et de décoder une chaîne de caractères vers un dataframe de coordonnées avec la fonction decodePolyline.

Le package, créé par Matthieu Viry, est disponible sur le CRAN ainsi que sur GitHub.

Create and integrate maps in your R workflow with the cartography package

The cartography package allows various cartographic representations such as proportional symbols, chroropleth, typology, flows or discontinuities. In addition it also proposes some useful features like cartographic palettes, layout (scale, north arrow, title…), labels, legends or access to cartographic API to ease the graphic presentation of maps. Continuer la lecture de Create and integrate maps in your R workflow with the cartography package

Mise à jour du package osrm (version 2.0.0)

Le package osrm assure le lien entre R et l’API d’OSRM. OSRM est un service de routage basé sur les données OpenStreetMap.
Ce package permet d’obtenir le temps de trajet, la distance et le plus court chemin entre deux points via le réseau routier d’OpenStreetMap. Il est également possible d’obtenir des matrices de distances entre deux séries de points.

Pour suivre l’évolution de l’API qu’il interface, j’ai mis à jour le package osrm.
Vue l’ampleur des modifications sur l’API, la compatibilité descendante n’est pas assurée, les codes anciens ne fonctionneront plus. Continuer la lecture de Mise à jour du package osrm (version 2.0.0)

Mise à jour du package SpatialPosition

Nous venons de mettre à jour le package SpatialPosition. Nous avions déjà présenté ce package ici et ici.

Les principales nouveautés sont :

  • l’ajout d’une vignette montrant un exemple de calcul de potentiels sur des données européennes (la carte illustrant l’article est issue de cette vignette);
  • une amélioration de la fonction permettant d’exporter les potentiels en format vectoriel (ce qui peut être utile si l’on veut utiliser une couche de potentiels dans un SIG ou si l’on veut mettre en page une carte de potentiels dans un logiciel d’édition vectorielle).

Le package est sur le CRAN et sur GitHub.

Temps de trajet et matrices de distances avec R et OpenStreetMap

Le package osrm assure le lien entre R et l’API d’OSRM. OSRM est un service de routage basé sur les données OpenStreetMap.
Ce package permet d’obtenir le temps de trajet, la distance et le plus court chemin entre deux points via le réseau routier d’OpenStreetMap. Il est également possible d’obtenir des matrices de distances entre deux séries de points. Continuer la lecture de Temps de trajet et matrices de distances avec R et OpenStreetMap

Cartographie avec R : le package cartography

Le package cartography est sur le CRAN.
Ce package permet la création de la plupart des types de cartes statistiques ou thématiques avec R.

Dans ce post je propose une série de cartes réalisées avec ce package.
J’ai indiqué sous chacune d’entre elles les principales fonctions utilisées.
L’intégralité des scripts mis en place pour créer les cartes sont disponibles dans la vignette du package.
Les fonds de cartes et les données sur les régions européennes mobilisées ici sont fournis avec le package. Continuer la lecture de Cartographie avec R : le package cartography

Géocoder en masse avec R et sans Google Maps

Il existe différentes solutions pour géocoder des adresses ou des lieux avec R. Les plus fréquemment citées sont basées sur des services commerciaux et utilisent des données non libres. D’autres utilisent des logiciels libres et des données libres (OpenStreetMap). La nature commerciale / non commerciale, libre / non libre d’une solution a des implications sur la construction et la diffusion des données géocodées.
Je propose ici une petite revue des différentes possibilités de géocodage dans R ainsi qu’un package pour interroger l’une des API de géocodage basé sur OpenStreetMap (photon). Continuer la lecture de Géocoder en masse avec R et sans Google Maps

Reilly, Huff et Stewart : le package SpatialPosition

Comme annoncé sur le blog du Groupe ElementR nous venons de déposer sur le CRAN le package SpatialPosition qui permet permet de calculer et de visualiser les résultats de modèles de positions : modèle de Reilly, modèle de Huff et modèle de Stewart. Ces modèles d’interaction spatiale permettent de saisir l’influence exercée par un lieu sur tous les autres (aire de marché d’un commerce, aire d’influence d’une ville, etc.). Pour plus d’information et de ressources sur ce type de modèles, vous pouvez vous référer à la vignette associée au package. Continuer la lecture de Reilly, Huff et Stewart : le package SpatialPosition

Installer devtools sur Ubuntu 14.04

Lorsque j’ai essayé d’installer devtools sur un pc sous Uubuntu 14.04 j’ai eu le message d’erreur suivant :

checking for curl-config... no
Cannot find curl-config
ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/tg/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.1/RCurl’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status

Continuer la lecture de Installer devtools sur Ubuntu 14.04

Recherche Reproductible et création de packages

Dans le cadre des séances de formation du Groupe ElementR Hadrien Commenges et moi avons préparé des documents pédagogiques autour de la notion de recherche reproductible avec R.

Lors de cette trop courte séance j’ai présenté sous forme de tutoriel un module sur la recherche reproductible et la création de packages: Continuer la lecture de Recherche Reproductible et création de packages